2005-2009年期间，实验室主办大型国际学术会议4次，双边及地区会议1次，极大地扩大了实验室的国际学术影响。

（1）刘丛强研究员为大会主席，于2006年9月24-27日在北京成功主办了第七届国际环境地球化学学术会议（7th International Symposium on Environmental Geochemistry），参会总人数达400人，外宾200人。

（2）郑宝山研究员与北京大学陶澍教授合作作为大会主席，于2007年10月27-29日在北京成功主办了第12届太平洋盆地区域环境与健康科学国际研讨会（The 12th International Conference of the Pacific Basin Consortium for Environment and Health Sciences. Environment and Health in the 21th Century: Challenges and Solutions），参会人数达400人，外宾200人。

（3）冯新斌研究员作为会议主席，于2007年7月29日－7月31日，在贵阳市召开了“贵州汞污染研究－从科学研究到污染控制国际研讨会”（International Workshop on Mercury Pollution in Guizhou- From Integration to action），与会代表32人，其中境外代表10人，来自于加拿大、挪威和日本等国。

（4）冯新斌研究员为大会主席，于2009年6月7-12日在贵阳成功主办第9届汞全球污染物国际学术会议（9th International Conference on Mercury as a Global Pollutant），参会总人数达650，其中境外代表达400人。

（5）郑宝山研究员为大会主席，与中国地质大学（北京）合作，于2006年9月23日—24日在北京成功主办了第五届海峡两岸资源与环境地球化学研讨会。